Un nuovo quadro bioinformatico sviluppato dai ricercatori della University of California San Diego School of Medicine ha identificato proteine chiave significativamente alterate a livello di espressione genica nel tessuto ricavato dalle biopsie di pazienti con nefropatia diabetica, un risultato che può rivelare nuovi bersagli terapeutici.
In un articolo recentemente pubblicato in JCI Insights, i ricercatori, guidati da Kumar Sharma, MD, professore di medicina presso UC San Diego School of Medicine, hanno rivelato che la proteina MDM2 è costantemente sotto-regolata e gioca un ruolo chiave nella progressione della nefropatia diabetica. I ricercatori hanno utilizzato il nuovo quadro bioinformatico “MetBridge Generator” per identificare gli enzimi e le proteine rilevanti i ponti che collegano i dati della metabolomica umani alla fisiopatologia della malattia renale diabetica a livello molecolare.
“MetBridge Generator consente una efficiente elaborazione, concentrandosi sull’analisi dei dati della metabolomica nelle urine di pazienti affetti da nefropatia diabetica, fornendo ai ricercatori l’opportunità di sviluppare nuove ipotesi basate sul possibile ruolo cellulare o fisiologico delle proteine chiave”, ha detto Sharma, autore e direttore del Istituto per la metabolomica nel Centro di Medicina traslazionale renale alla UC San Diego School of Medicine. “Il quadro può essere utilizzato anche nell’interpretazione di altre firme sui metabolomici da una varietà di malattie. Per esempio, MDM2 è anche coinvolto nella regolazione della proteina p53, che è un bersaglio per trattamenti contro il cancro.”
In uno studio precedente, gli autori hanno identificato 13 metaboliti che sono stati trovati ad essere alterati nei pazienti con nefropatia diabetica. La combinazione di queste informazioni e di dati pubblicamente disponibili su vie metaboliche, i ricercatori hanno testato una ipotesi che alcune proteine agiscono come ponti per creare percorsi non ancora meno ben definiti. Il quadro ha poi creato una mappa delle reti metaboliche e di interazione proteina-proteina (PPI). Questo ha permesso al team di guardare più in profondità i ponti importanti con il maggior numero di interazioni con gli enzimi che regolano la firma 13-metabolita della nefropatia diabetica.
Gli autori hanno già identificato le interazioni proteina-RNA come possibili fonti per le vie principali supplementari nella progressione della malattia di base che potrebbero essere aggiunti alla rete MetBridge Generator. Questa crescita continuerà ad aggiungersi a possibili bersagli terapeutici per il trattamento della malattia.